《通知》要求，项目的申报主体为各市、县、自治县人民政府，洋浦经济开发区管委会，省直行业主管部门，中央驻琼单位。各市县政府负责申报本区域内省重点（重大）项目；省直行业主管部门、中央驻琼单位负责申报本行业跨区域项目；文昌国际航天城项目由省军民融合办申报，博鳌乐城国际医疗旅游先行区项目由博鳌乐城管理局申报，陵水黎安国际教育创新试验区项目由省教育厅申报，其他8个重点园区项目由所在市县政府申报；农垦系统项目，按属地原则，由市县政府申报，跨区域项目由省农垦申报。

在申报程序和时间方面，《通知》提出应于10月21日前将申报项目录入海南省发改委投资项目服务平台项目库，11月10日前以市县政府（省级单位）名义以正式文将项目计划、项目用地四至范围界线坐标报送省发改委。省重点（重大）项目一经省政府批准后，所有的项目信息在年度执行中不得擅自更改和变动，并自正式发文之日起锁定期和有效期为一年。